MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 chromosome

Total Repeats: 7491

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3501	NC_013205	CGA	2	6	1247763	1247768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3502	NC_013205	ACG	2	6	1247782	1247787	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3503	NC_013205	TCGCG	2	10	1247859	1247868	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3504	NC_013205	TGG	2	6	1247897	1247902	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3505	NC_013205	TCC	2	6	1247981	1247986	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3506	NC_013205	CGT	2	6	1248009	1248014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3507	NC_013205	GCGCC	2	10	1248054	1248063	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3508	NC_013205	GC	3	6	1248080	1248085	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3509	NC_013205	TCG	2	6	1248092	1248097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3510	NC_013205	CGC	2	6	1248153	1248158	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3511	NC_013205	GGA	2	6	1248159	1248164	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3512	NC_013205	T	6	6	1248210	1248215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3513	NC_013205	CAT	2	6	1248216	1248221	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3514	NC_013205	CAC	2	6	1248234	1248239	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3515	NC_013205	CAA	2	6	1248273	1248278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3516	NC_013205	CG	3	6	1248309	1248314	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3517	NC_013205	CGG	2	6	1248323	1248328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3518	NC_013205	GC	3	6	1248404	1248409	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3519	NC_013205	GC	3	6	1248441	1248446	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3520	NC_013205	TCG	2	6	1248503	1248508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3521	NC_013205	GAC	2	6	1248523	1248528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3522	NC_013205	TCG	2	6	1248538	1248543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3523	NC_013205	TC	3	6	1248550	1248555	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3524	NC_013205	G	6	6	1248657	1248662	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3525	NC_013205	GGAC	2	8	1248729	1248736	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
3526	NC_013205	GGT	2	6	1248747	1248752	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3527	NC_013205	CCT	2	6	1248778	1248783	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3528	NC_013205	TAT	2	6	1248829	1248834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3529	NC_013205	CGC	2	6	1248853	1248858	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3530	NC_013205	GGA	2	6	1248901	1248906	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3531	NC_013205	GAT	2	6	1248967	1248972	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3532	NC_013205	GCGG	2	8	1249052	1249059	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
3533	NC_013205	TCC	2	6	1250416	1250421	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3534	NC_013205	ATCA	2	8	1250459	1250466	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3535	NC_013205	GA	3	6	1250485	1250490	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3536	NC_013205	GCG	2	6	1250542	1250547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3537	NC_013205	TTG	2	6	1250564	1250569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3538	NC_013205	AC	3	6	1250574	1250579	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3539	NC_013205	TCT	2	6	1250583	1250588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3540	NC_013205	AAC	2	6	1250607	1250612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3541	NC_013205	ATG	2	6	1250632	1250637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3542	NC_013205	CAT	2	6	1250647	1250652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3543	NC_013205	G	6	6	1250681	1250686	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3544	NC_013205	AGTA	2	8	1251792	1251799	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3545	NC_013205	AGGG	2	8	1251812	1251819	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3546	NC_013205	AT	3	6	1251831	1251836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3547	NC_013205	TA	3	6	1253239	1253244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3548	NC_013205	TCA	2	6	1253283	1253288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3549	NC_013205	CG	3	6	1258275	1258280	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3550	NC_013205	G	6	6	1258283	1258288	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3551	NC_013205	TGA	2	6	1258314	1258319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3552	NC_013205	GAG	2	6	1258320	1258325	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3553	NC_013205	GGA	2	6	1258373	1258378	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3554	NC_013205	CG	3	6	1260589	1260594	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3555	NC_013205	CGA	2	6	1260758	1260763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3556	NC_013205	CCT	2	6	1261142	1261147	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3557	NC_013205	ATG	2	6	1261167	1261172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3558	NC_013205	TCC	2	6	1261256	1261261	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3559	NC_013205	GGA	2	6	1261291	1261296	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3560	NC_013205	CTC	3	9	1264895	1264903	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3561	NC_013205	ATT	2	6	1264940	1264945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3562	NC_013205	AAG	2	6	1264947	1264952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3563	NC_013205	AG	3	6	1265023	1265028	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3564	NC_013205	A	6	6	1265052	1265057	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3565	NC_013205	ATGG	2	8	1269577	1269584	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
3566	NC_013205	GGC	2	6	1269601	1269606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3567	NC_013205	GATA	2	8	1269655	1269662	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3568	NC_013205	ATG	2	6	1269679	1269684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3569	NC_013205	TCGC	2	8	1269738	1269745	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3570	NC_013205	AGA	2	6	1269746	1269751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3571	NC_013205	GAG	2	6	1269757	1269762	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3572	NC_013205	T	6	6	1274830	1274835	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3573	NC_013205	GAT	2	6	1274857	1274862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3574	NC_013205	GCCG	2	8	1274927	1274934	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3575	NC_013205	CG	3	6	1274949	1274954	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3576	NC_013205	CG	3	6	1274958	1274963	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3577	NC_013205	GTG	2	6	1274997	1275002	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3578	NC_013205	AG	3	6	1275003	1275008	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3579	NC_013205	GGCG	2	8	1276604	1276611	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
3580	NC_013205	GA	4	8	1276633	1276640	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3581	NC_013205	CTG	2	6	1276642	1276647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3582	NC_013205	GAG	2	6	1277742	1277747	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3583	NC_013205	GCC	2	6	1278917	1278922	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3584	NC_013205	TCG	2	6	1278929	1278934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3585	NC_013205	TCG	2	6	1278938	1278943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3586	NC_013205	GC	3	6	1279012	1279017	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3587	NC_013205	GCG	2	6	1279049	1279054	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3588	NC_013205	TGC	2	6	1279120	1279125	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3589	NC_013205	TCG	2	6	1279137	1279142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3590	NC_013205	GA	3	6	1279163	1279168	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3591	NC_013205	CGC	2	6	1279217	1279222	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3592	NC_013205	CT	3	6	1279242	1279247	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3593	NC_013205	GGC	2	6	1279264	1279269	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3594	NC_013205	CCG	2	6	1279329	1279334	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3595	NC_013205	AGC	2	6	1279365	1279370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3596	NC_013205	GTC	2	6	1279388	1279393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3597	NC_013205	ACG	2	6	1279526	1279531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3598	NC_013205	GTGTC	2	10	1279533	1279542	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3599	NC_013205	ACT	2	6	1279583	1279588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3600	NC_013205	CTC	2	6	1279733	1279738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3601	NC_013205	TCGG	2	8	1279747	1279754	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3602	NC_013205	AG	3	6	1283378	1283383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3603	NC_013205	GT	3	6	1283384	1283389	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3604	NC_013205	TGA	2	6	1286260	1286265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3605	NC_013205	CTG	2	6	1289152	1289157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3606	NC_013205	TC	3	6	1289178	1289183	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3607	NC_013205	CTA	2	6	1289224	1289229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3608	NC_013205	AAAT	2	8	1289245	1289252	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3609	NC_013205	CAT	2	6	1289254	1289259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3610	NC_013205	CGT	2	6	1289281	1289286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3611	NC_013205	TTAA	2	8	1289324	1289331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3612	NC_013205	GGC	2	6	1289336	1289341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3613	NC_013205	TAA	2	6	1289370	1289375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3614	NC_013205	GCTTC	2	10	1292249	1292258	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3615	NC_013205	CATCA	2	10	1292269	1292278	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
3616	NC_013205	GT	3	6	1292285	1292290	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3617	NC_013205	AC	3	6	1292339	1292344	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3618	NC_013205	TGG	2	6	1292347	1292352	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3619	NC_013205	GT	3	6	1292368	1292373	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3620	NC_013205	GT	3	6	1292380	1292385	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3621	NC_013205	GCTCAA	2	12	1292413	1292424	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3622	NC_013205	CACG	2	8	1292476	1292483	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3623	NC_013205	CCG	2	6	1294344	1294349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3624	NC_013205	CATA	2	8	1294377	1294384	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3625	NC_013205	CAAA	2	8	1294431	1294438	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
3626	NC_013205	A	6	6	1294455	1294460	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3627	NC_013205	A	6	6	1294543	1294548	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3628	NC_013205	GTC	2	6	1294634	1294639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3629	NC_013205	CTC	2	6	1294780	1294785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3630	NC_013205	TC	3	6	1294788	1294793	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3631	NC_013205	CGC	2	6	1294819	1294824	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3632	NC_013205	GTT	2	6	1294877	1294882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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3638	NC_013205	GCC	2	6	1298912	1298917	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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3759	NC_013205	G	6	6	1344495	1344500	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3760	NC_013205	GGAT	2	8	1345657	1345664	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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3899	NC_013205	AGG	2	6	1412374	1412379	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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3997	NC_013205	C	7	7	1483577	1483583	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
3998	NC_013205	CGAGG	2	10	1483620	1483629	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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